Gæðamál eru í hávegum höfð í allri starfsemi Parlogis. Unnið er samkvæmt ISO 9001, GDP (Good Distribution Practice) og GMP (Good Manufacturing Practice). Lyf eru viðkvæm vara og því þarf að gæta sérstaklega vel bæði að flutningi og geymsluskilyrðum til að tryggja virkni og gæði þeirra. Móttökuskoðun er framkvæmd á öllum lyfjum til að tryggja að lyf uppfylli tilsettar kröfur áður en lyfin eru samþykkt til sölu og fara í almenna dreifingu innan heilbrigðiskerfisins.

Lyfjaframleiðendur og yfirvöld gera reglulega úttektir á starfsemi fyrirtækisins, en jafnframt framkvæmir Parlogis reglulega innri úttektir á eigin verkferlunum og verkferlum samstarfsaðila.